La Academia Militar del Imperio de Barsburg es conocida por entrenar a las élites que llevan la victoria al imperio. Los estudiantes de la academia utilizan libremente una habilidad llamada "Zaiphon" para luchar, mientras que los tipos de Zaiphon que se pueden usar dependen de la naturaleza del soldado.
Teito Klein, un estudiante de la academia, es uno de los soldados más prometedores producidos. Aunque es ridiculizado por todos por ser un esclavo (alemán para esclavo) sin recuerdos de su pasado, es amigo de un compañero de estudios llamado Mikage.
Mientras se prepara para el examen final, Teito descubre un oscuro secreto relacionado con su pasado. Cuando un intento de asesinar a Ayanami, un oficial de alto rango que mató a su padre, fracasa, Teito queda encerrado en espera de un castigo. Solo queriendo lo mejor para Teito, Mikage lo ayuda a escapar.
Teito termina en la Iglesia del Distrito 7, donde es capturado por los obispos. Es aquí donde Teito intenta evadir el dominio de Ayanami y los militares, para que pueda redescubrir sus recuerdos y aprender por qué es la persona que puede cambiar el destino del mundo.
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