"Para obtener algo, hay que perder algo de igual valor". La alquimia se rige por esta Ley del Intercambio Equivalente, algo que los jóvenes hermanos Edward y Alphonse Elric sólo comprenden después de intentar la transmutación humana: el único acto prohibido de la alquimia. Pagan un precio terrible por su transgresión: Edward pierde su pierna izquierda y Alphonse su cuerpo físico. Sólo con el sacrificio desesperado del brazo derecho de Edward consigue fijar el alma de Alphonse a una armadura.
Devastado y solo, es la esperanza de que ambos vuelvan a sus cuerpos originales lo que da a Edward la inspiración para obtener unos miembros metálicos llamados "automail" y convertirse en un alquimista de estado, el Alquimista de Metal Completo. Tres años de búsqueda después, los hermanos buscan la Piedra Filosofal, una reliquia mítica que permite a un alquimista superar la Ley del Intercambio Equivalente. Incluso con sus aliados militares, el coronel Roy Mustang, la teniente Riza Hawkeye y el teniente coronel Maes Hughes, los hermanos se ven envueltos en una conspiración nacional que les lleva no sólo a la verdadera naturaleza de la escurridiza Piedra Filosofal, sino también a la turbia historia de su país.
Entre la búsqueda de un asesino en serie y la carrera contra el tiempo, Edward y Alphonse deben preguntarse si lo que están haciendo les hará volver a ser humanos... o les quitará su humanidad.
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