Con el último Ángel vencido, a Nerv le queda un último enemigo por enfrentar: los humanos bajo el mando de Seele. Dejado en una profunda depresión cerca del final de la serie original, un indeciso Shinji Ikari lucha con el ultimátum que se le presenta: aceptar completamente la existencia de la humanidad, o renunciar a la individualidad de la humanidad.
Mientras tanto, en el centro de un Nerv comprometido, Gendou Ikari y Rei Ayanami se acercan a Lilith en un intento de realizar sus propios ideales sobre el futuro del mundo. El final de Evangelion sirve como un final alternativo a los polarizantes episodios finales de Neon Genesis Evangelion. Con el destino del universo colgando de la balanza, la climática batalla final se acerca.
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